COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.891485
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.898189
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.839319
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.249558
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 17.853732
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 18.222887
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 18.586825

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 13.347255
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 13.559421
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 13.428378
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 13.010512
2021-04-12 17:00:00 12.605042 5.716100 12.455206
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 12.418581
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 12.259225

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 16.923077 24.159231 25.859168
2021-04-15 17:00:00 27.468354 30.392157 25.941977
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.677845
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.575682
2021-04-12 17:00:00 33.632287 10.706638 25.444101
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 25.313632
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.880058

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.639148
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 16.749556
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.445237
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.380252
2021-04-12 17:00:00 15.096860 16.879091 16.318636
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 16.390334
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 16.145573

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 14.786638
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 14.772739
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 14.695310
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 15.201060
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 15.439008
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 15.516500
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 15.654359

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 35.623822
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 35.081774
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 34.494082
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 33.916106
2021-04-12 17:00:00 62.896175 37.768663 34.982313
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 35.551627
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 36.462524

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 9.809810 20.353063 15.490045
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 15.173196
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 14.868020
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 15.452594
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 15.476064
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 15.545742
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 15.599695

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.931222
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.863780
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.767108
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.691839
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.464933 6.681301
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.698294
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.725936

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 15.811680
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 15.727617
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 15.805784
2021-04-13 17:00:00 10.153846 17.010989 15.840748
2021-04-12 17:00:00 14.312442 18.451824 16.147480
2021-04-11 17:00:00 16.222760 19.467312 16.328785
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.504998

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 30.057604
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 29.942797
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 30.370922
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 29.362844
2021-04-12 17:00:00 21.362760 50.707092 29.147672
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 29.223572
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 29.514316

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.096848
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.458760
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.288066
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.812972
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.562269 12.686964
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 12.745943
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 12.999762

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 6.787230
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.512670
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 6.157415
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 5.758292
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.477386
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 5.352861
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 5.199681

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 4.930283
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.273934
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.713160
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.709022
2021-04-12 17:00:00 4.810997 4.810997 5.956246
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 6.222710
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 6.602433

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 43.150685 73.287671 45.619730
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 46.313504
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 45.794909
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 46.166506
2021-04-12 17:00:00 27.586207 42.084168 45.551119
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 45.596002
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 45.228662

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 19.525257
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 19.783677
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 19.838306
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 20.091747
2021-04-12 17:00:00 21.052632 18.990096 20.471348
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 20.840600
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 21.213314

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 42.507119
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 42.921537
2021-04-14 17:00:00 63.077575 63.077575 40.727377
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 41.562944
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 41.095613
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 41.640084
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 42.213597

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.182487
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 9.051568
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.516704 9.068387
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.077115
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.195282
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.214465
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 9.213635

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.761295
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.721532
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 14.149851
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.575497
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 15.143258
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 15.911664
2021-04-10 17:00:00 13.902715 13.902715 16.868674

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 14.096265
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 13.981475
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 13.886017
2021-04-13 17:00:00 12.172553 15.222208 13.554835
2021-04-12 17:00:00 17.866067 14.128318 13.649991
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.808123
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.829800

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 18.693912
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 19.100712
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 19.079926
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.735897
2021-04-12 17:00:00 24.390244 18.557423 18.225016
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 18.349012
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 18.128823

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 30.699096
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 29.701443
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 27.858429
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 27.568389
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 28.289353
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 28.577775
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 27.878494

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 24.337188
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 24.384007
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 24.173216
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 24.202699
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.403291
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 24.776915
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.022118

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.899263 12.899263 13.347255
Basilicata 16.923077 24.159231 25.859168
Calabria 15.019077 15.019077 16.639148
Campania 12.057081 12.057081 14.786638
Emilia-Romagna 41.062802 41.062802 35.623822
Friuli Venezia Giulia 9.809810 20.353063 15.490045
Lazio 7.830429 7.830429 6.931222
Liguria 13.374741 13.374741 15.811680
Lombardia 28.556326 28.556326 30.057604
Marche 11.989702 11.989702 13.096848
Molise 8.713693 8.713693 6.787230
P.A. Bolzano 3.338762 3.338762 4.930283
P.A. Trento 43.150685 73.287671 45.619730
Piemonte 18.627755 18.627755 19.525257
Puglia 39.119369 39.119369 42.507119
Sardegna 9.510795 9.510795 9.182487
Sicilia 13.280341 13.280341 13.761295
Toscana 13.955846 13.955846 14.096265
Umbria 20.121029 20.121029 18.693912
Valle d'Aosta 22.727273 22.727273 30.699096
Veneto 22.414646 22.414646 24.337188

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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